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세무조사 이행강제금 시행… 기업이 알아야 할 변화와 대응 전략 [광장의 조세]

입력 2025-10-15 07:00   수정 2025-10-15 09:20

한경 로앤비즈의 'Law Street' 칼럼은 기업과 개인에게 실용적인 법률 지식을 제공합니다. 전문 변호사들이 조세, 상속, 노동, 공정거래, M&A, 금융 등 다양한 분야의 법률 이슈를 다루며, 주요 판결 분석도 제공합니다.
이행강제금 신설 배경: 세무조사 강제력 강화의 흐름
2025년 9월 15일 이후 시작되는 세무조사부터 납세자가 정당한 사유 없이 자료 제출 의무를 위반할 경우 이행강제금이 부과될 수 있는 국세기본법의 신설 규정(이하 ‘신설 이행강제금 규정’)이 시행되었습니다. 이는 2024년 10월 국정감사에서 다국적기업 세무조사 시 기존 과태료 규정의 낮은 실효성이 지적된 이후, 2025년 2월 국세기본법 개정과 2025년 6월 동법 시행령 개정을 통해 마련된 조치입니다.


기존 과태료와의 차이점: 부과 한도 없고, 반복 부과 가능
납세자 입장에서 가장 큰 변화는, 자료 미제출 시 기존 과태료보다 훨씬 큰 금액의 이행강제금이 부과될 수 있다는 점입니다. 기존 과태료는 5,000만원의 한도를 두고 있었으며 반복 부과가 어려웠으나, 신설 이행강제금은 부과 한도가 없고 매 30일마다 반복하여 부과할 수 있습니다. 단, 신설 규정은 동일한 사유에 대하여 과태료와 이행강제금을 중복하여 부과할 수는 없다고 정하고 있습니다.

구체적으로, 관할 지방국세청장은 납세자가 정당한 사유 없이 자료를 제출하지 않는 경우, 이행강제심의위원회의 심의를 거쳐 이행강제금을 부과할 수 있습니다. 지방국세청장은 자료 제출에 필요한 상당한 이행기간(통지일로부터 30일 이상)을 부여해야 하며, 이행기한의 다음 날부터 30일이 지난 후에도 미제출 시 이행기한의 다음 날부터 기산하여 매 30일마다 이행강제금을 부과할 수 있습니다. 이행강제금은 납세자가 자료를 전부 제출한 날 또는 세무조사 종료일의 전날까지 계속 누적됩니다. 단, 세무조사가 중지된 경우 그 중지기간은 이행강제금 부과기간에서 제외됩니다. 이행강제금 부과금액은 아래 [표]에 따른 1일당 부과금액에 이행강제금의 부과기간을 곱하여 산정합니다.

이행강제금 불복 절차: 행정소송
이행강제금 부과처분을 다투기 위해서는 행정소송을 제기해야 합니다. 기존 과태료는 이의제기 시 부과 처분의 효력이 상실되어 과태료 납부 없이 법원 과태료 재판에서 다툴 수 있었고, 과태료 재판은 비송사건으로서 당사자 진술 없이 약식재판으로 진행되는 경우가 많았습니다. 그러나 이행강제금 부과처분에 대해서는 행정소송으로 다투어야 하므로, 일반적인 과세처분 취소소송과 마찬가지로 일단 이행강제금을 납부한 후 소송을 진행하는 경우가 많을 것으로 보이며, 변론기일에서 보다 구체적인 변론 및 다툼이 이루어질 것으로 예상됩니다.

한편, 이행강제금은 이행강제금심의위원회의 심의를 거쳐 부과금액을 감경 또는 면제할 수 있습니다. 그러나 세무조사 과정의 다른 위원회(과세전적부심사위원회, 이전가격심의위원회 등)와 달리, 현재까지 납세자에게 심의위원회에서 의견을 진술할 기회가 부여되는지에 대한 명시적인 규정이 없는 상태입니다. 따라서 향후 국세청 고시 등 후속 입법을 통해 납세자의 방어권 보장 차원에서 의견 진술 기회가 명확히 보장될 필요가 있습니다.
‘정당한 사유’ 판단을 둘러싼 실무상 갈등 가능성
세무조사 현장에서는 자료 제출 의무를 두고 납세자와 조사팀의 의견이 대립할 가능성이 높습니다. 특히 영업 비밀 자료, 해외 관계회사 자료, 또는 준비 및 제출에 장기간이 소요되는 자료 등에 관하여 납세자는 미제출에 ‘정당한 사유’가 있다고 주장하는 반면, 조사팀은 이를 인정하지 않아 의견이 충돌할 수 있습니다.

신설 이행강제금 규정은 납세자가 ‘정당한 사유 없이’ 자료 제출 의무를 위반할 경우에만 부과할 수 있다고 정하고 있으나, 현행 규정상 정당한 사유의 인정 기준은 마련되어 있지 않습니다. 불필요한 갈등을 피하기 위해서는 세무조사권 남용 금지 원칙(국세기본법 제81조의 4, 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 한다는 원칙)을 반영하여 정당한 사유가 어떤 경우에 인정되는지에 관한 구체적인 지침이 마련될 필요가 있습니다.

기업의 대응 전략과 제도 개선 방향
신설 이행강제금 규정은 이미 시행되고 있으나, 납세자의 의견 진술 기회 보장 여부, 정당한 사유의 인정 기준을 비롯한 구체적인 적용 방식은 아직 명확히 정립되지 않아 실무상 혼란이 우려됩니다. 이행강제금의 부과·징수에 필요한 사항은 국세청장이 고시하도록 위임되어 있지만, 2025년 10월 현재 아직 관련 고시가 이루어지지 않은 상황입니다.

따라서 과세당국은 국세청 고시 등을 통해 구체적인 사항들을 최대한 명확하게 정하여 제도의 예측가능성을 높여야 합니다. 한편, 기업은 새로운 제도 시행에 맞추어 세무공무원의 적법한 질문·조사 및 제출 명령에 성실하게 협력할 수 있도록 관련 규정을 숙지하고 비치 의무가 있는 장부와 증거 서류를 갖추는 등 철저히 준비해야 합니다. 불확실성을 최소화하고 효율적인 세무 행정을 정착시키기 위한 과세당국과 납세자의 건설적인 협력이 필요한 시점입니다.


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