변화의 기로에 선 수정수입세금계산서 발급 제도...어떻게 개선되나(上) [광장의 조세]

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“변호사님, 당사 기업심사 결과 추징세액이 발생하였습니다. 본세(관세)는 세관 의견을 받아들여 납부할 계획이지만, 회사가 법을 일부러 어기거나 탈세 등 나쁜 의도를 품은 것도 아닌데 부가가치세 매입세액 불공제까지 받게 되어 억울합니다. 불복을 제기하고 싶지만.. 아무 잘못이 없었다는 사실을 저희더러 증명하라니 너무 막막합니다.”

“변호사님, 당사는 FTA검증(원산지조사)을 받았는데, 특혜세율 적용이 배제되었습니다. 수출국의 거래처가 제품 원산지 정보를 부정확하게 알린 것인데도, 세관에서 본세를 추징하였을 뿐 아니라 수정수입세금계산서도 조세심판원-법원 판단이 확정돼야 발급이 가능하다고 하여서, 많은 시간과 비용을 들여 불복을 할 수 밖에 없게 되었습니다.”
익명화 발췌한 위의 상담 내역은, 2013. 7. 26. 부가가치세법령이 수입부가가치세 추징 시 매입세액 공제에 필수적인 ‘수정수입세금계산서’가 원칙적으로는 발급되지 않고 납세자가 자신에게 귀책이 없음을 증명하여야 발급되는 것으로 개정된 후 실제로 빈번하게 제기된 쟁송 사례를 재구성한 것이다.

"귀책사유 없을때만 발급"...허들 높아져 쟁송 늘어나

우리나라 조세체계는 전단계매입세액공제를 채택하고 있다. 최종 소비자를 제외한 각 단계의 거래 주체는 자신이 납부한 부가가치세를 다음 단계에 전가하기 위해 세금계산서를 수취하고 반기마다 관할 세무서에 제출하여 매입세액 공제를 받는다. 다만 수입물품에 대한 부가가치세는 사정이 다르다. 외국 소재 공급자에게 한국 거래처 명의의 세금계산서 발급을 요구하기 곤란해 통관 세관의 세관장 명의로 수입세금계산서가 발급되어 동일한 기능을 수행한다.

이때 수입물품의 납세자가 최초 신고된 과세표준의 오류를 스스로 발견하고 시정한 경우에는 통상 특이사항이 없는 한 세관장이 수정수입세금계산서를 발급한다. 다만 2013년 개정은 기준을 상향했다. 세관 기업심사 등의 결과로 추징세액이 발생하면 원칙적으로 발급을 제한한다. 납세자 귀책사유가 없다는 사실이 입증된 경우에 한하여 예외적으로 발급한다.성실한 납세자와의 조세 형평 등 취지에서 세관 기업심사 등 결과로 인해 추징세액이 발생하면 납세자 귀책사유가 없다는 사실이 입증된 때에만 수정수입세금계산서를 발급하기로 제도의 문턱을 높인 것이다.

2013년 개정 법령은 수입기업의 관세무역 컴플라이언스 실무를 강화하고 세수 일실을 엄정하게 방지한다는 족적을 남겼지만, 일각에서는 수입 기업에 상당한 부담과 쟁송을 증가시켰다는 비판도 제기되었다. 비록 헌법소송에 있어서는 수정수입세금계산서 원칙적 발급 제한이 합헌 판단을 받았지만 ‘내국’ 부가가치세 매입세액 불공제가 조세포탈사범 및 그에 준하는 무거운 잘못으로 제한된다는 비판적 견해는 지속적으로 제기되어 왔다.

결과적으로 부가가치세법령은 2017년에 추징 시 원칙적 미발급을 유지했다. 다만 예외 사유에 납세자의 경미한 과실을 추가해 발급 범위를 넓히는 중간 과정을 거쳐 2022. 12. 31. 개정된 현행 법령에서는 원칙을 '발급'으로 전환했다. 관세조사 등 비자발적 추징에도 수정수입세금계산서를 발급해 매입세액 공제를 허용한 것이다. 법정 예외의 경우만 수정수입세금계산서를 발급하지 않는다.

[현행 수정수입세금계산서 예외적 미발급 기준]

▶ (미발급 대상) 관세포탈, 부정한 행위, 기타 중대한 잘못*
* ①특수관계거래 자료요구 미제출
②관세조사 등 결과통보 후 오류 반복
③보정통보건 미정정
④가격신고 사항 또는 과세자료 내용의 중대한 하자

부가가치세법 제35조, 같은 법 시행령 제72조, 관세청 2025. 10. 16.자 보도자료
「관세청, 수정수입세금계산서 발급 제도 운영 개선을 위한 전문가 간담회 개최」 중 참고자료 발췌 및 인용.

해석 사각지대 잔존...예측 가능성 높혀야

현행 법령에서는 수입부가가치세 매입세액 공제가 구법에 비해 넓게 인정된다. 이에 따라 수입기업의 고충과 불복 제기는 감소 추세이다. 다만 과제가 남아 있다. '기타 중대한 잘못'을 어떤 기준으로 판단할 것인지가 핵심이다. 입법취지·판례·실무례를 토대로 관세청이 운용하는 지침에 따르더라도 해석/판단의 사각지대가 부득이 잔존하면 통관적법성과 납세자 권리구제 간 균형을 과다한 불복 없이 달성하는 것이 과연 가능할지에 대해서다. 이에 법령의 기저예측가능성 제고 필요성이 꾸준히 논의되어 왔다.

관세청은 현행 법령이 도입된 이래 논의되어 온 ‘수정수입세금계산서 미발급 사유 예측가능성’ 쟁점을 본격적으로 연구하고 소관 지침 제/개정을 추진하기 위하여, 2025. 10. 16. 민관 합동 간담회를 개최하였다. 제도개선 목표가 순항한다면 수입기업으로서는 쟁송을 최소화하고 관세청으로서도 명료한 발급제한 참고 기준을 안내하여 정당한 사안에서는 납세순응을 이끌어낼 수 있을 것이다.

자세한 토의사항과 지침의 내용은 보안 절차상 관세청이 수정수입세금계산서 지침을 공람해 후속 기고에서 다루겠지만, 모쪼록 관세행정의 중요 영역을 구성하는 수입부가가치세 제도가 수입기업의 부담을 줄이고 납세협력을 증진하는 일석이조의 성과를 거두기를 일찍이 기원하는 바이다.