장기보유공제 손보나…보유 요건 조정될 듯

이재명 대통령이 지난 21일 신년 기자회견에서 주택 양도소득세 장기보유특별공제의 문제점을 공개적으로 지적하자 제도가 어떻게 바뀔지 관심이 집중되고 있다. 정부 안팎에선 보유 기간에 따른 양도세 감면 혜택이 폐지 또는 대폭 축소될 수 있다는 관측이 나왔다.

22일 정치권과 정부에 따르면 이 대통령의 기자회견 직후 재정경제부 등 관련 부처 실무진이 주택 양도소득세 장기보유특별공제 개선을 위한 논의에 들어갔다. 이 대통령은 기자회견에서 “(주식과 달리) 투자·투기용 부동산을 오래 가지고 있다고 세금을 깎아주는 것은 이상한 것 같다”고 했다. 전문가들은 대통령의 발언 취지를 고려할 때 장기보유특별공제 요건 중 보유 기간에 따른 양도세 감면 혜택이 크게 축소될 가능성이 있다고 본다.

정부에 따르면 주택 양도세 장기보유특별공제는 부동산 보유 기간에 따라 과세 대상 양도차익을 최대 80% 깎아준다. 1가구 1주택자는 보유 기간과 거주 기간을 각각 1년당 4%포인트씩 최대 40%의 공제율을 적용한다. 보유 기간에 따른 혜택을 없애면 1주택자의 양도세 감면은 최대 80%에서 40%로 줄어든다. 교육과 직장 문제 등으로 실거주가 어려운 경우도 많아 감면 혜택이 폐지 대신 축소될 수 있다는 관측 또한 있다.

더불어민주당은 문재인 정부 시절인 2021년 주택 장기보유 혜택을 양도 차익 규모에 따라 차등 적용하는 방안을 검토했다. 10년 이상 보유 기준 양도 차익을 5억원 이하 40%, 5억~10억원 이하 30%, 10억~20억원 이하 20%, 20억원 초과 10% 등으로 구분했다. 하지만 사실상 1주택자 증세라는 비판 여론 등으로 국회 문턱을 넘지 못했다.

다주택자의 장기보유특별공제 혜택도 축소될 가능성이 거론된다. 현행 세법에 따르면 다주택자라도 3년 이상 보유한 주택은 보유 기간에 따라 양도세를 감면해준다. 보유 기간 1년당 2%포인트씩 15년 이상 보유하면 양도차익을 최대 30% 깎아준다. 원칙적으로 조정대상지역에선 이런 장기보유특별공제 혜택이 사라진다. 이에 따라 양도세 중과 유예 조치가 연장되지 않고 오는 5월 9일 종료되면 조정대상지역인 서울과 일부 경기 지역에서 다주택자는 장기보유특별공제를 적용받을 수 없다.

이광식 기자 bumeran@hankyung.com