지분구조는 단순히 '누가 회사를 얼마나 소유하고 있는가'의 문제가 아니다. 경영권 방어, 가지급금·가수금·미처분이익잉여금 같은 재무 리스크 해소, 배당 전략, 나아가 가업승계까지 기업 경영 전반과 맞물려 있다.
국내 중소기업 대다수는 창업 당시 형성된 지분 형태를 손보지 않고 그대로 유지한다. 대표 1인이 전체 지분을 보유하거나 가족 구성원끼리 나눠 갖는 식이다. 평소에는 별문제가 없어 보이지만 가업승계나 재무적 위기 상황이 닥치는 순간 이 단순한 구조가 예상치 못한 세무·법률 리스크로 돌아온다. 비상장법인이 대부분인 중소기업 특성상 지분 문제를 깊이 고민하지 않고 지나치는 경우가 많은데 준비 없이 지분 변동 이슈가 터지면 해결에 상당한 시간과 비용을 쏟아야 한다.
제조업을 운영하던 한 대표는 자녀에게 회사 주식을 액면가로 넘겼다. 별다른 문제가 없으리라 생각했지만 얼마 지나지 않아 국세청으로부터 증여로 추정된다는 통지를 받았다. 특수관계자 간 주식 거래는 시가평가가 원칙인데, 액면가 거래는 저가 양도로 간주되어 증여세(양도로 볼 경우에는 부당행위계산부인) 과세 대상이 된 것이다.
비상장주식은 거래가 드물어 시장에서 형성된 적정가를 확인하기 어렵기 때문에 세법은 순자산가치와 순손익가치를 가중평균하는 보충적 평가 방법을 두고 있다. 원칙적으로 순자산가치에 가중치 2, 순손익가치에 가중치 3을 부여해 2대3 비율로 산출하되 부동산 비중이 큰 법인은 3대2 비율을 적용한다.
문제는 이렇게 산정된 평가액이 경영자가 체감하는 가치보다 훨씬 높게 나오는 경우가 많다는 점이다. 게다가 국세청은 국세행정시스템(NTIS)으로 비상장주식의 이동 과정을 상시 추적하고 있어 지분을 이동할 계획이 있다면 반드시 제삼자 감정평가 등 객관적 방법으로 시가를 먼저 산정해야 한다.
가업승계를 염두에 둔 지분구조 설계에서는 상속세 및 증여세법상 가업상속공제 요건 충족이 관건이다. 피상속인이 10년 이상 계속 경영했는지, 상속인이 2년 이상 가업에 종사했는지, 상속 이후 일정 기간 경영을 유지하는지 등을 점검해야 하며, 요건을 충족하면 경영기간에 따라 최대 600억 원까지 상속세 과세가액에서 공제받을 수 있다.
다만 2026년 세제개편안에서 정부가 이 한도를 최대 1,000억 원까지 늘리는 대신 경영기간 요건을 10년에서 원칙적으로 30년으로, 사후관리 기간도 5년에서 10년으로 강화하는 방안을 추진 중이므로 승계를 계획 중이라면 개정 동향을 지속적으로 확인해야 한다.
증여를 활용한 사전 준비도 유효한 전략이다. 직계비속에게는 10년간 5천만 원(미성년자는 2천만 원), 배우자에게는 10년간 6억 원까지 증여세가 부과되지 않는다. 다만 증여세는 10년 이내 동일 수증자에게 이뤄진 증여재산을 모두 합산해 과세하므로 10년 주기로 나눠 증여하는 것이 절세의 기본이 된다.
또한 증여재산은 증여 시점의 가액으로 평가되기 때문에 주식가치가 낮을 때 미리 증여해두면 이후 가치가 오르더라도 그 상승분에는 증여세가 붙지 않는다는 점도 활용할 만하다.
지분을 조정하는 방법은 매매, 상속, 증여, 증자, 감자 등으로 다양하며 방식마다 세무·법률 요건이 다르다. 그중 자기주식을 활용하는 방법도 눈여겨볼 만하다. 법인이 주주로부터 자사 주식을 매입하는 방식으로 이때 발생하는 양도차익에는 대주주 기준 과세표준 3억 원 이하 20%, 3억 원 초과분은 25%의 세율이 분류과세로 적용되며 다른 소득과 합산되지 않는다.
근로·사업소득이 아닌 양도소득이므로 국민연금이나 건강보험료 산정에서도 상대적으로 유리하게 작용할 수 있다. 가지급금 문제를 해소하면서 동시에 지분을 조정할 수 있는 방법이지만 상법상 자기주식 취득 절차를 준수해야 하고 이후 소각 과정에서 의제배당 문제가 발생할 수 있어 신중한 접근이 필요하다.
지분구조는 기업의 성장 단계에 맞춰 달리 설계해야 한다. 창업 초기에는 대표 1인 지배 체제가 신속한 의사결정에 유리하지만 성장기에 접어들면 가족 구성원에게 지분을 분산해 경영 안정성과 세무 효율성을 함께 확보하는 것이 바람직하다.
또한 주주총회 특별결의가 필요한 상황에 대비해 대표가 특별결의를 단독으로 통과시킬 수 있는 지분율을 확보해두는 것도 전략적으로 검토할 부분이다. 성숙기에는 배당 전략이 중요해지는데 가족 구성원에게 지분을 고르게 분산하면 배당소득이 나뉘어 금융소득종합과세 기준(연 2천만 원) 이하로는 분리과세가 적용돼 소득세 부담을 낮출 수 있다.
현장에서 자주 보이는 실수는 눈앞의 절세에만 집중하다 더 큰 문제를 만드는 경우다. 예컨대 법인 전환 후 일정 기간 내에 지분 상당 부분을 처분하면 앞서 받은 조세특례가 추징될 수 있고, 이미 증여받은 가족에게 추가로 증여하면 10년 합산 규정에 따라 예상보다 높은 세율 구간에 걸릴 수 있다.
따라서 지분구조 설계는 단기적 절세 수단이 아니라 최소 10년 단위의 장기 로드맵으로 접근해야 한다. 가업상속공제 요건을 갖추는 데도 증여를 여러 차례 나눠 진행하는 데도 상당한 시간이 필요하기 때문이다. 또한 지분 이동은 회사 주가가 낮게 관리되는 시점에 실행하는 것이 유리한데 회사가 성장할 때까지 미루다 보면 오히려 주식가치가 올라 세 부담이 커질 수 있다.
지분구조 정비는 결국 세금을 줄이는 문제를 넘어 경영권을 안정시키고 가족 간 분쟁을 예방하며 승계 과정에서 기업 가치를 지켜내는 핵심 전략이다. 다만 회계·세법·상법이 복잡하게 얽혀 있는 영역인 만큼, 섣불리 진행하면 오히려 새로운 문제를 만들 수 있다. 전문가와 함께 현재 지분구조를 점검하고 회사 상황에 맞는 로드맵을 세워 단계적으로 정비해 나가는 것이 바람직하다.

[글 작성] 정연조, 김을회 / 스타리치 어드바이져 기업 컨설팅 전문가
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한국경제TV 사업2부 정성식 PD
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