국적선사를 이용하는 우수 선·화주에 대해 부여하는 세액공제 혜택 기준이 ‘운송비용’에서 ‘물동량’으로 바뀐다. 정부는 세액공제 비율은 지금의 절반 수준으로 낮추는 대신 원양 노선에 대한 추가공제 제도를 신설할 방침이다.
정부는 31일 이 같은 내용이 담긴 2025년 세제 개편안을 발표했다.
우수 선·화주 기업에 대한 세액공제란 국적선사 이용 비중이 높은 화주에 대해 국적선사에 지출한 운송비용의 일부를 세액공제하는 제도다. 세제 혜택은 국제물류주선업자(포워더)가 받는다. 포워더는 수출기업들이 수출하는 물류를 모아 배를 운영하는 선주 기업과 외항 운송계약을 맺는다.
이 제도는 올해 일몰될 예정이었지만, 정부는 기한을 2028년 12월까지 3년 연장하는 대신 내용을 손보기로 했다.
현행 제도는 총 해상운송비용 중 국적선사에 지출한 운송비용 비중이 전체 운송비용의 40% 이상이고, 이 비중이 전년 대비 증가했을 경우, 지출한 운송비용의 1%와 전년 대비 증가한 금액의 3%만큼 공제하고 있다.
정부는 조세특례제한법을 개정해, 총 해상 ‘물동량’ 중 국적선사를 이용한 물동량이 40% 이상일 경우 국적선사에 지출한 운송비용의 0.5%를 세액공제하기로 했다. 기존에 국적선사에 지출한 운송비용이 증가했을 경우 증가 비용의 3%를 공제하던 제도는 빠진다.
전체 운송비용에 대한 공제율이 절반(1%→0.5%)으로 낮아지는 대신 원양 노선의 운송비용에 대해 추가공제가 신설된다. 정부는 원양 해상물동량 중 국적선사를 이용한 물동량이 25% 이상일 경우, 국적선사에 지출한 원양 운송비용의 1%를 추가 공제받을 수 있다.
기획재정부 관계자는 “운송 비용 대신, 상대적으로 변동성이 낮은 ‘물동량’ 기준으로 변경해 화주 기업이 예측 가능성을 높이고, 국적선사 이용 비중이 높아 추가적인 증가 여력이 크지 않은 기업이 지원 대상에서 제외되지 않도록 ‘이용 비중의 전년 대비 증가 요건’은 폐지했다”고 설명했다.
이광식 기자 bumeran@hankyung.com
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