정보기술 솔루션을 개발하는 K 사의 경우 석사 및 학사 학위를 소지한 소수의 연구 인력을 구성하고 사무실 내에 일정 규모의 독립된 연구 공간을 확보하는 것만으로 손쉽게 연구소 인증을 획득하였으며, 바이오 벤처기업인 L 사 역시 창업 초기 단 2명의 연구원으로 시작해 정부의 R&D 과제를 성공적으로 수주해 나가며 현재는 10명 규모의 탄탄한 연구 조직으로 성장해 매출 신장을 이뤄냈다.
이처럼 기업부설연구소는 대기업에 비해 상대적으로 인프라가 취약한 중소기업이 정부의 전방위적인 지원을 바탕으로 독창적인 원천 기술을 축적하고 시장 내 지배력을 키워나가는 핵심 발판이 된다. 무엇보다 기업부설연구소를 보유한 기업에 제공되는 다각적인 재무적·세제적 인센티브는 중소기업의 경영 부담을 완화해준다. 현행 법령에 따라 연구소 운영 기업은 연구 및 인력개발비로 지출한 총비용의 25%에 달하는 금액을 세액공제 받을 수 있고, 연구 전용 시설 및 장비 투자 비용에 대해서도 10%의 공제 혜택이 주어지며 연구 전담 요원의 인건비 일부를 직접 지원받기도 한다.
이에 더해 연구소 용도로 직접 사용하는 부동산에 대해서는 취득세와 재산세가 면제되는 등 파격적인 감면 혜택이 집중되어 있어 기술 개발에 따르는 고정 비용을 절감하고 기업의 현금 흐름을 선순환 구조로 전환하는 데 결정적인 기여를 한다. 이러한 세제 혜택은 기업부설연구소를 보유한 중소기업이 정부R&D 바우처 사업 등을 통해 최대 1억 원 규모의 연구개발 서비스를 추가로 지원받거나 각 지방자치단체가 별도로 제공하는 지역별 특화 지원 제도와 결합할 때 그 재정적 효과가 더욱 두드러진다.
연구소를 운영하는 기업이 병역지정업체로 선정될 경우, 석사 이상 학위를 소지한 우수한 이공계 인재들을 전문연구요원으로 편입시켜 장기간 안정적으로 확보할 수 있으므로 중소기업 기술 개발의 가장 큰 취약점인 연구 인력의 잦은 이탈과 부재 리스크를 방지할 수 있다. 또한 고용노동부의 청년 채용 관련 장려금 지원이 연계되고 외국인 전문 연구 인력 초빙 절차까지 한층 수월해져 국경을 넘나드는 핵심 인재 풀을 구성하는 것이 가능해진다. 이렇게 견고하게 다져진 인적 자원과 연구 인프라는 중소벤처기업부나 산업통상자원부 등이 주관하는 정부의 대규모 R&D 지원 사업에 참여할 수 있는 필수 자격 요건이 된다.
일례로 전자부품 제조사인 M 사의 경우 연구소 설립 이후 국가 R&D 과제에 선정되어 2년간 총 5억 원의 연구비를 전액 지원받아 신제품 개발과 해외 수출 증대라는 비약적인 도약을 이뤄내기도 했다. 특히 최근 정부 정책의 패러다임이 국내에 머물던 기술 개발의 범위를 글로벌 무대로 전격 확장함에 따라 기업부설연구소를 보유한 기업들의 성장 기회는 더욱 무궁무진해졌다.
중소벤처기업부와 중소기업기술정보진흥원이 추진하는 글로벌 협력형 R&D 사업은 국내 기술 기업들이 세계 최고 수준의 해외 연구기관과 컨소시엄을 구성해 국제 공동 연구를 수행할 수 있도록 전 주기를 밀착 지원한다. 중소기업이 자체적으로 발굴한 해외 기관과 협력하는 자유공모형 과제에 선정될 경우 3년간 15억 원의 대규모 R&D 자금이 지원되며, 단계별 검증을 거치는 에코브릿지 유형의 경우 최대 5년간 무려 25억 원에 달하는 연구개발비가 투입된다.
더욱이 첨단바이오, 인공지능 등 국가전략기술 분야와 생명, 신약, 헬스케어 등 미래 신산업 분야를 중심으로 집중적인 투자가 이루어지고 있으며, 특히 일본 등 글로벌 제약사와의 기술 수요 공유 및 업무협약 체결을 바탕으로 국내 바이오 벤처기업들이 세계적 수준의 기술 경쟁력을 이식받아 글로벌 시장으로 곧장 직행할 수 있는 연계 판로까지 탄탄하게 구축되어 있다.
그러나 기업부설연구소가 가져다주는 이러한 전방위적인 혜택을 온전히 누리고 자격을 지속하기 위해서는 설립 이후의 사후 관리와 운영 규정 준수에 엄격한 주의를 기울여야 한다. 소프트웨어 개발사인 N 사의 경우, 핵심 연구원의 이직으로 인해 법적 인력 요건을 일시적으로 충족하지 못했음에도 이를 기한 내에 한국산업기술진흥협회에 변경 신고하지 않아 연구소 인증이 전면 취소되었다.
기업의 대표자나 상호가 바뀌는 경우는 물론이고 연구소의 물리적 위치와 면적 변동, 연구원의 채용 및 퇴사, 자본금의 변화나 주요 연구 분야의 전환, 나아가 기업의 합병과 분할 및 매출액 변동에 이르기까지 제반 변경 사항이 발생하면 즉각 신고 의무를 이행해야 연구소 자격을 안전하게 유지할 수 있다. 아울러 세무적 관점에서의 리스크 관리도 철저해야 한다. 비즈니스의 연속성을 확보하고 사후 추징 위험을 차단하기 위해서는 평소 연구비의 실제 집행 내역을 증명할 영수증과 회계 장부는 물론이고 개발 과정을 입증할 연구 노트와 기술개발 보고서 등을 디지털 시스템을 통해 상시적이고 체계적으로 관리해야 한다.
기업부설연구소는 중소·벤처기업이 한정된 자원의 한계를 뛰어넘어 기술 혁신을 이루고 국가적인 재정 지원과 세제 혜택을 수혜받을 수 있는 가장 강력한 경영 무기다. 다만 제도의 도입과 사후 유지 과정에서 발생할 수 있는 행정적 요건 누락이나 세무적 오류를 방지하고 정부의 최신 지원 사업 정보를 실시간으로 모니터링하여 실익을 극대화하기 위해서는 경영진의 자의적인 판단에 의존하기보다 기획 단계부터 전문적인 자문을 받는 것이 바람직하다.

[글 작성] 박정원, 임한상 / 스타리치 어드바이져 기업 컨설팅 전문가
* 위 칼럼의 내용은 작성자의 전문적인 의견임을 알려드립니다. *
스타리치 어드바이져는 기업이 밤하늘의 별처럼 지속적으로 빛날 수 있도록 백년기업을 향한 영속성을 함께 디자인하는 성장 파트너다. 전문적인 시스템과 체계적인 관리를 바탕으로 전국의 컨설턴트와 전문가 그룹이 각 기업의 상황과 특성에 맞는 솔루션을 제시한다.
또한 사단법인 글로벌기업가정신협회와 함께 2015년부터 ‘기업가정신 콘서트’를 개최하며 이윤 추구를 넘어 사회적 책임을 다하는 미래 지향적 기업가정신의 확산에도 앞장서고 있다. 기업의 효율적 운영과 지속 가능한 중장기 성장 전략에 신뢰할 수 있는 파트너가 필요하다면 스타리치 어드바이져에 문의하면 된다.
한국경제TV 사업2부 정성식 PD
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